モバイルSuicaやモバイルPASMOをレコーダーにタッチして、勤怠打刻することは可能ですか？

はい、ご利用可能です。
交通系ICカードと同様に、モバイルSuicaやモバイルPASMOをレコーダーにタッチして打刻することができます。