モバイルSuicaやモバイルPASMOは利用可能ですか？

ご利用可能です。
モバイルSuicaやモバイルPASMOでの交通費登録方法は２種類ございます。

ICカードと同様にスマートフォン等のレコーダー端末にタッチし、交通費情報の読み取り。
WEBサイトからのデータ取込